该文章于2006年1月由申维玺教授与孙燕院士共同撰写发表于《中医研究》。深入探讨了理论研究在中医药学发展中的重要性，并指出理论研究的滞后性是中医药学关键科学问题长期难以突破的重要原因之一。
文章指出，中医药学是我国自然科学领域的重要优势和特色，但在近半个世纪的国家投入下，中医药学的关键科学问题仍未取得根本性突破。其核心问题在于中医证的理论未能被国际医学界理解，复方中药的现代医学原理也未被阐明。作者认为，理论研究的不足是导致这些问题的重要原因。
文章分析了自然科学研究的分类，强调理论研究与实验研究的辩证关系。理论研究为实验研究提供方向和基础，而实验研究则验证理论的正确性。在中西医结合研究中，理论研究尤为重要，因为中医和西医是两种截然不同的医学体系，中医侧重宏观和整体，而西医侧重微观和实证。
文章进一步探讨了中西医结合基础研究的特点，指出其目标是用现代科学理论和技术阐明中医理论的科学内涵，促进中医药走向世界。作者提出，中医证的现代医学属性、病与证的关系、中医证的本质和发病学机理、复方中药的作用机理、中医辨证治疗疾病的现代医学原理，以及中西医理论的结合点等关键问题，均需通过理论研究来解决。
文章特别强调，中医证的本质和发病学机理的研究应以理论研究为主，实验研究为辅。作者通过理论研究提出，中医证的本质是细胞因子网络紊乱，复方中药的作用机理是调节细胞因子网络的异常功能状态。这一理论突破为中医药学的现代化提供了新的思路。
文章最后呼吁，中西医结合基础研究必须重视理论研究的作用，根据不同科学问题的性质，采用相应的研究方法。只有通过理论研究的突破，才能推动中医药学的关键科学问题的解决，实现中医药理论的现代化。
该文的发表为中医药学的发展提供了重要的理论支持，也为中西医结合研究指明了方向。未来，中医药学的发展需要更多跨学科的合作，以理论研究为引领，推动中医药学走向更广阔的国际舞台。